Parkimine České Budějovice lennujaamas on praegu tasuta. Lennujaamas on kaks parklat, mis mahutavad kokku 900 autot, mis katavad suvehooajal piisavalt suurimat liiklust.
Peamine parkla
Suure parkla leiab kohe pärast peateelt mahasõitu.
See asub vasakul pool terminali suunas ja pakub ruumi 700 autole.
Terminalini saab minna jalgsi või kasutada bussiliini, mis sõidab vähemalt iga 15 minuti tagant koos väljuvate ja saabuvate lendudega. Buss on tasuta.
Väiksem parkla terminalis
Lennujaama hallist jalutuskäigu kaugusel on üks väiksem parkla. Selle mahutavus on aga ainult 180 autot ja kõrghooajal on see täiesti täis.