Manohari lennujaamas on 1 kaasaegne terminal, mis on ühine kõikidele lendudele. Saabuvate lendude saal ja registreerimislauad asuvad esimesel korrusel.
Turvakontroll ja väljumisväravad asuvad 1. korrusel.
Terminal on jagatud siseriiklikuks ja rahvusvaheliseks sektsiooniks, kuid kõik on lähestikku ja jalutuskäigud on väga lühikesed.
Immigratsioonikontroll saabumisel
Hoolimata sellest, et Goa Manohari lennujaamas on väga vähe rahvusvahelisi lende, on saabumisel sisserände kontrollimisel sageli pikad järjekorrad, mis võivad kesta üle 60 minuti.
Ümberistumine lendude vahel
Manohari lennujaam ei ole ümberistumise sõlmpunkt ja seetõttu ei ole seal otsetranspordi võimalusi.
Edasi-tagasi lendamisel peate alati väljuma transiitväljakust, kõndima läbi avaliku ala väljumisruumi, sõitma eskalaatoriga esimesele korrusele ja läbima turvakontrolli.
Kogu ümberistumise aeg riigisiseselt lennult võtab umbes 30-40 minutit, rahvusvaheliselt lennult võib see aga võtta üle 90 minuti, kuna immigratsioonijärjekorrad on aeglased.
